O Tribunal de Contas da União investigou, a pedido do Congresso Nacional, possíveis irregularidades no Programa Pé-de-Meia. A principal suspeita era de que alguns municípios tinham mais beneficiários do programa do que alunos matriculados no ensino médio público.
Durante a análise, foram encontradas inconsistências numéricas entre o número de beneficiários e o de matrículas, além de algumas fragilidades operacionais e casos pontuais de não conformidade com os critérios de elegibilidade. No entanto, não foram identificadas falhas sistêmicas ou indícios de responsabilidade dos gestores.
O TCU já havia expedido determinações e recomendações ao Ministério da Educação e ao Ministério do Desenvolvimento Social para corrigir essas questões. Com isso, o sobrestamento foi levantado e a solicitação do Congresso foi atendida integralmente, resultando no arquivamento do caso.